San Pedro de Atacama y sus alrededores tienen un clima seco y templado durante todo el año. El 90% de los días son despejados y soleados. Esto permite que San Pedro pueda ser visitado prácticamente durante todo el año. En verano (diciembre a marzo), la temperatura fluctúa entre los 13 °C y los 25 °C, llegando a una máxima de aproximadamente 32 °C, mientras que durante el invierno (junio a septiembre), la temperatura fluctúa entre los 9 °C y los 24 °C.
Entre diciembre y marzo, ocasionales lluvias se hacen presentes en el lugar, como efecto del invierno andino (también conocido como invierno altiplánico e invierno boliviano). Durante agosto y septiembre se presentan fuertes vientos en la zona, lo que en algunas ocasiones puede resultar en la suspensión de algún tour, aunque esto es muy extraño que suceda.
Ahora bien, hay que considerar que estas temperaturas corresponden al pueblo San Pedro de Atacama, ubicado a 2500 m de altitud. En la gran mayoría de las excursiones visitarás lugares ubicados por sobre esa altitud, siendo la temperatura menor a mayor altitud. Es así como en lugares como los Geysers del Tatio, ubicados a 4200 m de altitud, la temperatura mínima promedio del lugar llega a -6 °C en verano y a -20 °C en invierno.
